２００５年，科技部启动了长三角区域“十一五”科技发展规划战略研究，上海、江苏、浙江以长三角城市群为对象，对区域科技发展及规划编制的背景、现状、必要性和可行性、重点内容、组织实施等问题开展研究。目前，战略研究已顺利结束，科技部决定在此基础上正式启动长三角“十一五”科技发展规划的编制。　　
    上海市科委工作人员介绍说，下一阶段联席会议的工作重点包括：联合申报科技部重大科技攻关项目；研究制定三地资质认定标准的对接办法和实施细则；围绕长三角中小企业的发展需求，进一步发挥浙江网上技术市场、上海技术交易所、江苏生产力促进中心等技术中介机构的作用，建立有效的长三角技术交易网络系统等。
    长三角区域科技合作的组织机制和工作机制全面形成。２００４年，苏、浙、沪三地科技部门启动了长三角重大科技攻关项目，共出资１０００万元，联合征集科技项目，确定长三角城镇饮水安全保障、长三角城际一卡互通交换清分平台等９项联合攻关项目。　　
    在资源共享方面，２００４年，长三角１６个城市签订共建大型科学仪器设施协作共用平台的协议。目前，长三角大型科学仪器设备协作共用网入库仪器设施达１５００多台（套），在其开通的短短３个月内，区域间仪器设施服务量就超过９００次。